Główny problem polega na tym, że budynek musi być tak skonstruowany, by umożliwić położenie ciągłej izolacji termicznej oraz zminimalizować straty ciepła wynikających z ustawienia względem stron świata. Właśnie dlatego konieczne są “wiszące” balkony czy klatki schodowe, zwarta budowa, bez niepotrzebnych, acz upiększających projekt załamań murów oraz przeszklenie wyłącznie elewacji południowej. Gotowy projekt to dopiero początek batalii o ciepło, gdyż dom pasywny musi być budowany szczególnie starannie - jakiekolwiek błędy są niedopuszczalne. Dlatego też, jeśli decydujemy się na budynek tego typu, konieczne jest zatrudnienie wykwalifikowanej ekipy i przeprowadzanie w trakcie prac dodatkowych badań, o których można przeczytać na takich stronach jak www.budujdompasywny.pl, które pozwolą nam upewnić się, że wszystko idzie zgodnie z planem.Jeśli chodzi o dom pasywny, największe problemy związane są z docieplaniem miejsc połączenia poszczególnych elementów przegród zewnętrznych. Szczególnie trudno jest uniknąć powstania mostków termicznych na połączeniu ściany z konstrukcją dachu czy przy izolowaniu fundamentów. Tego typu prace muszą być wykonywane zgodnie z wytycznymi i bardzo starannie, gdyż najmniejsze przerwy w warstwie izolacyjnej nie tylko utrudnią utrzymanie ciepła, ale też będą powodować skraplanie się pary wodnej i w rezultacie zawilgocenie przegrody. Na szczęście istnieją już określone schematy postępowania w newralgicznych punktach i tak długo, jak budową będą zajmować się fachowcy, a używane przez nich materiały będą dobrej jakości, nie grożą nam problemy. Dom pasywny musi mieć też prawidłowo osadzone okna, tak aby były one na jednej linii z izolacją termiczną ściany. Tam, gdzie mostków termicznych uniknąć się nie da, stosuje się alternatywne rozwiązania architektoniczne. Przykładem są choćby balkony, które odmiennie niż w budownictwie tradycyjnym nie są trwale powiązane z bryłą budynku, lecz połączone jedynie za pomocą punktowych wiązań lub po prostu zaprojektowane jako osobne konstrukcje.
Docieplanie domów pasywnych nie kończy się jednak na odpowiednim projekcie i starannym wykończeniu. Konieczne są też wydajne systemy wentylacyjne, które rozprowadzą ciepło po całym budynku. Trzeba pamiętać o tym, że dom pasywny tak naprawdę jest ogrzewany głównie od strony południowej i bez cyrkulacji powietrza różnice temperatur w poszczególnych pomieszczeniach sprawią, że nie da się w nim normalnie funkcjonować. I tu znów wracamy do warstwy izolacyjnej, ponieważ jej ciągłość jest jednym z warunków zachowania właściwej wentylacji. Szczelne przegrody zewnętrzne zapobiegają zjawisku konwekcji powietrza pomiędzy wnętrzem a otoczeniem budynku, a co za tym idzie umożliwiają prawidłowe działanie systemów wentylacyjnych. Jeśli powietrze “ucieka” przez dziury w warstwie izolacyjnej, automatycznie zakłóca to jego przepływ w pomieszczeniach, powodując pogorszenie się warunków termicznych. Dlatego też dom pasywny jeszcze w trakcie budowy przechodzi przez co najmniej dwie tzw. próby ciśnieniowe, które pozwalają określić jego szczelność i poprawić ewentualne błędy.
